Berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti Depdiknas No. 84/DIKTI/Kep/2001, Universitas Diponegoro mempunyai kewenangan untuk mendidik para sarjana untuk menjadi Magister dalam bidang Epidemiologi melalui Program Studi S-2 Epidemiologi. Program Studi Magister Epidemiologi  PPs UNDIP mengembangkan suatu visi yang lebih spesifik di bidang epidemiologi  dan diarahkan pada upaya  mengendalikan permasalahan kesehatan masyarakat dengan memperhatikan distribusi masalah kesehatan dan etiologi berdasarkan Public Health Evidence-based.